Een coloscopie is over het algemeen een veilig onderzoek, mede dankzij de ervaren artsen en het gebruik van moderne apparatuur. Zoals bij elk medisch onderzoek kunnen er echter complicaties optreden. De meest voorkomende complicatie is een lichte bloeding, bijvoorbeeld na het verwijderen van poliepen. Ernstige complicaties, zoals een perforatie van de darmwand, zijn uiterst zeldzaam.
Dankzij zorgvuldige technieken en een grondige voorbereiding wordt het risico op dergelijke complicaties tot een minimum beperkt. Mocht een ernstige complicatie toch optreden, dan wordt direct actie ondernomen door de behandelend arts om je veiligheid te waarborgen.