De coloscopie is niet pijnlijk, omdat je tijdens het onderzoek een slaapsedatie krijgt met behulp van kortnarcose. Hierdoor slaap je volledig en merk je niets van het onderzoek.
Na de coloscopie kun je een licht opgeblazen gevoel of milde buikkrampen ervaren. Dit wordt veroorzaakt door de lucht die tijdens het onderzoek is ingebracht en verdwijnt binnen enkele uren.